在分析反渗透水处理设备不能正常运行的问题时如同医生问诊要采用“望闻问切”知其所以然，设备正常运行很好的方法就是从一开始就要进行防范， 如何规避有缺陷的反渗透系统，基本的就是要设计合理，首先我们浅谈一下RO系统的设计 。
设计RO系统时应有水质全分析。如果水质存在季节性的变化(在地表水中十分常见)或水源变化(在市政供水中十分常见)，尽量获取你所能得到的所有分析数据并确认它们取自于新的材料。
现场进行15分钟SDI(污染密度指数)试验，以确定发生胶体污堵的可能性。 如果你想在晚上做个好梦，就先确认在设计RO系统时已设计有足够的预处理。
在设计RO时(特别是有可能发生污染时)应留有余地，在设计以干净井水作为给水水源的反渗透系统时，可以采用比地表水系统更加激进的设计。
在保守的RO系统设计时选用较低的水通量，因为减少单位膜面积上的产水量会减少污染物在膜对于以井水作为给水水源的系统，设计水通量应控制在8~14gfd(加/平方英尺/日)的范围内。对于井水作为给水水源系统，设计水通量应控制在14~18gfd的范围内。
回收率应取较为保守的值，以使污染物的浓度降至很低。
一个保守的设计应尽量增加进水横向流速和浓水流速，横向流速越高，膜表面盐分和污染物向主体溶液的扩散速度越快，因而可以减少膜表面盐分和污染物的浓度。
对于不同的使用场合选择合适的膜元件类型。有时，在处理难于处理的地表水和工业废水水源时，使用电中性的CAB(醋酸纤维素)膜元件优于使用带负电荷的CPA(聚酰胺复合)膜元件。
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